スプライシングバリアントの可視化

エクソン単位での発現量の違いをトランスクリプトごとに観る

弊社のスプライシングバリアント解析では、実験区ごと、遺伝子ごと、トランスクリプトごとに、エクソンの発現量を定量・比較し、わかりやすく結果を提示します。

RNA-Seqで検出されたリードをリファレンスデータにマッピングし、遺伝子・エクソン単位でカウントすることで、スプライシングバリアントの検出が出来ます。cummeRbundというプログラムライブラリを使い、これをわかりやすく図示したのものが掲出の画像です。

トランスクリプトごとのエクソンがどのようにマッピングされているかがゲノムビューア風に表示され、それぞれのエクソンの発現量が、コントロール・実験区別に色分けされて示されます。これにより、スプライシングバリアントの状況をひと目で理解できます。

当該の画像データ（png形式）はスプライシングバリアント解析の結果検出された遺伝子ごとに作成されます。このpngファイル群をまとめたものに、カウント数、その補正値などを遺伝子毎／エクソン毎にまとめたタブ区切りテキストファイルを加えて提供いたします。

この図は、上から下に向かって複数の「トラック」が並ぶ構造となっています。

一番上のトラックが「アクシストラック」。対象遺伝子やそれに対応するエクソンが染色体のどこに存在するのかを示すスケールです。その下に、「リージョントラック」と「データトラック」があります。

トランスクリプトごとにエクソンの構成を示したものが「リージョントラック」です。この図ではリージョントラックが５つあります。例に示した遺伝子においては５種のトランスクリプトが存在するようです。それぞれのトラックに表示されている長方形がエクソンに対応しています。

たとえば一番上のトランスクリプトは９個のエクソンから構成されているようです（一見、長方形が６個しかありませんが、一番右端の長方形は実は4個がくっついています）。

しかし、２番めのトランスクリプトをみると、一番左に位置する長方形は上と共通ですが、そのあと中間部の４つの長方形と右端の長方形がありません。つまり、両トランスクリプト間で使われているエクソンの構成が異なっています。これがスプライシングバリアントです。

エクソンごとの発現量を図示したものが「データトラック」です。トランスクリプトごとの発現量と、それを合計したものがそれぞれ別トラックとして提示されています。赤・青の2色で表示されていますが、前者が実験区・後者が対照区での発現量に対応しています。